La Catedral de Calahorra es la primera Sede Episcopal de la Diócesis de Calahorra y La Calzada-Logroño. Su origen se remonta al siglo IV, en el que se erigió un templo martirial (Martyrium) donde se veneraban las reliquias de los Santos Mártires Emeterio y Celedonio, y un Baptisterio paleocristiano construido en el mismo lugar donde los dos jóvenes soldados fueron martirizados. 

A los pocos años de la legalización del culto cristiano (313), que facilitó el crecimiento de las comunidades cristianas, Calagurris reunía las condiciones para que su comunidad estuviera presidida por un obispo y para que éste dirigiera la vida religiosa de los cristianos del extremo occidental de la provincia Tarraconense que dependía de Calagurris.

El Baptisterio primitivo 

El poeta calagurritano, Aurelio Prudencio, hace alusión en los himnos del «Peristephanon» relacionados con Calagurris, al Baptisterio del siglo IV construido en el mismo lugar del martirio de los santos mártires Emeterio y Celedonio, que con el paso del tiempo se convertiría en un foco de peregrinación y expansión del cristianismo. 

Apoyados en la tradición, en los datos históricos y en algunos restos arquitectónicos, se puede afirmar que desde el siglo IV se ha rendido culto en este lugar a san Emeterio y san Celedonio de forma continuada. A mediados de ese mismo siglo, Calagurris ya tenía obispo, y sabemos por Prudencio que Valeriano era el obispo que velaba por el culto de los Mártires y por el Baptisterio en el que nacían a la fe los catecúmenos.

La evolución de la Catedral románica a la gótica

En el año 923 los musulmanes destruyeron el pequeño templo del Baptisterio, y tras la reconquista de Calahorra (1045) se restauró el edificio y se erigió la primera catedral románica dedicada a Santa María y a los santos Emeterio y Celedonio.

La Iglesia Catedral actual, trasformada, ampliada y rehecha en el mismo lugar del baptisterio paleocristiano y sobre la base de la Iglesia románica, resulta un ejemplo de la evolución del gótico tardío con una gran unidad arquitectónica. Las primeras obras del nueva Catedral comenzaron en el año 1484 y se prolongaron durante dos siglos y medio, de manera que sus capillas, retablos, así como el resto de los elementos del templo reflejan los desarrollos culturales y artísticos propios de cada una de sus etapas constructiva.