Sacristía
La sacristía, dividida en tres tramos, guarda en su interior joyas de pintura, orfebrería y bordados.
Sala Capitular
Esta dependencia del Cabildo, recién restaurada, contiene una valiosa colección de pinturas en cobre.
Baptisterio
En la capilla bautismal hallamos un retablo idéntico al de la capilla de San Juan Bautista, pero retocado posteriormente para colocar las estatuas de san Blas y san Antón. La pila bautismal señala, según la tradición, el lugar exacto del martirio de los santos Emeterio y Celedonio. Es de estilo gótico, forma lobulada y de proporciones grandiosas.
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Retablo mayor
El retablo del altar mayor es de 1904, repite la estructura y escenas del retablo original que era romanista del siglo XVII y se destruyó por un incendio en el año 1900. El actual lo realizaron Carlos Laguna y Francisco Borja. Está colocado sobre el basamento de piedra policromada del retablo original (1601).
Parroquia
La capilla central y más amplia, dedicada a los Santos Mártires Emeterio y Celedonio, es la sede de la Parroquia. Alberga un retablo rococó con grandioso relieve del martirio, obra realizada por Manuel Romero hacia el 1765. Es de gran calidad la pintura de la cúpula, pechinas y muros laterales realizados por José Vejes.
Presbiterio
En el presbiterio, dentro de la mesa de altar, están expuestos los relicarios con los restos de los santos Emeterio y Celedonio, confeccionados en 1513 por el orfebre Francisco Soria, en forma de arqueta gótica renacentista. El retablo es del s. XX, y sustituye al anterior de estilo clasicista que desapareció a consecuencia de un incendio en el año 1900. El grupo escultórico del retablo esta compuesto por la imagen de La Asunción, titular de este templo, otras escenas de la vida de la Virgen, los santos Emeterio y Celedonio con vestimenta de soldados romanos, Santo Domingo de la Calzada y San Prudencio.
Coro y órgano
El coro, en el centro de la nave, está cerrado por una reja construida por Pedro Lazcano en 1623. La sillería de estilo plateresco, fue tallada en 1532 por Guillén de Holanda, Natuerva Borgoñón y el maestro Cristóbal. Consta de 49 sillas altas y 36 bajas, con abundante ornamentación de grutescos.
El gran órgano está instalado en una caja del s. XVIII y consta de un conjunto de 1500 tubos. Es obra del organero Roqués (1917). Se trata de un órgano romántico-sinfónico de gran calidad, construido para poder interpretar un amplio repertorio de música de órgano de diferentes épocas compositivas.
El gran órgano está instalado en una caja del s. XVIII y consta de un conjunto de 1500 tubos. Es obra del organero Roqués (1917). Se trata de un órgano romántico-sinfónico de gran calidad, construido para poder interpretar un amplio repertorio de música de órgano de diferentes épocas compositivas.